Madrasah Aliyah Negeri ( MAN ) Rejotangan didirikan oleh yayasan Pendidikan Islam Pesantren Sabilil Muttaqien ( YPI PSM ) Tanen Rejotangan Tulungagung pada tahun 1958 yang mula-mula bernama Madrasah Islam Menengah ( MIM ).

Pada tahun 1969 MIM berubah menjadi Madrasah Aliyah Pesantren Sabilil Muttaqien / MA PSM.

Tahun 1980 Madrasah Aliyah Pesantren Sabilil Muttaqien /MA PSM berubah menjadi Fillialnya MAN I Tulungagung.

Akhirnya pada tanggal 25 Nopember 1995 turun SK Kanwil Departemen Agama Propinsi jawa Timur nomor : 515A/1995 tentang penegerian MA Fillial menjadi Madrasah Aliyah Negeri Rejotangan.

Yang pernah menjabat sebagi Kepala Madrasah adalah :

1. H. Afandi sejak berdiri sampai tahun 1991
2. Drs. Masrur, tahun 1991 sampai 1996
3. Drs. H. Miftah, tahun 1996 sampai 2000
4. Drs. H. Mukadji, tahun 2000 sampai 2003
5. Drs. Masrur, tahun 2003 sampai 2005
6. Drs. H. Marjuni, M.Pd, tahun 2005 sampai 2009
7. Drs. H. Slamet Riyadi, M.Pd, tahun 2009 sampai sekarang